Samotná válka s sebou přinesla obrovský nárůst vojenských písemností, které samozřejmě spolu s euforií z konce války silně ovlivnily poválečnou strukturu vojenského archivnictví.
Již koncem května 1945 byl vytvořen Vojenský ústav vědecký (později Vojenský historický ústav), do nějž vedle obnoveného Památníku osvobození a několika nově vzniklých vojenských institucí patřil i Vojenský ústřední archiv. Sám Památník osvobození měl rovněž dvě archivní oddělení - politické a vojenské, což vedlo k značné roztříštěnosti archivní správy fondů, ovlivněné do určité míry již tehdy odlišováním odboje západního a východního, první a druhé světové války. Při výběru budovy pro nově vznikající Vojenský ústřední archiv padla z důvodu dostatečné prostorové kapacity volba na Invalidovnu v pražském Karlíně.
Zatímco byl Vojenský ústřední archiv konstituován jako nová archivní instituce, archivy Památníku osvobození navazovaly na svou prvorepublikovou tradici, rozšířenou o druhý odboj včetně problematiky koncentračních táborů.
Po Únoru 1948 začal Památník osvobození upadat v nemilost, neboť určité kapitoly dějin byly vnímány jako buržoazní a prozápadní, tudíž ideologicky nepřátelské. Na základě toho 1. 10. 1949 Památník osvobození zanikl. Zbylo z něj pouze muzeum a vojenskohistorické oddělení. I v následujících letech docházelo k organizačním, mnohdy neodborným, změnám. Podobné změny včetně pozdějšího přejmenování na Vojenský historický archiv se dotkly i Vojenského ústředního archivu. Velkým zásahem do jeho pravomocí byl např. odvoz jednotlivin či celých fondů a sbírek, které si převzalo Ministerstvo vnitra (dříve Ministerstvo národní bezpečnosti) pro své studium. Jednalo se o dokumentaci čs. zahraniční armády a zájem Státní bezpečnosti byl v prvé řadě zaměřen na politicky nevhodné osoby. Bezpečnost vytvářela z odcizených archivních fondů vlastní sbírky označené čísly. Když byly některé tyto sbírky vráceny ve 2. polovině 60. let do vojenského archivu, nebylo už v silách tamních archivářů totálně promíchaný materiál vrátit zpět do fondů, do nichž patřil.
Nelze v rámci tohoto článku uvádět veškeré okolnosti vývoje vojenského archivnictví u nás. Nutno říci, že situace v archivu, ať už po stránce vedení, organizačního členění či hlavních úkolů, byla přesným odrazem politické situace v naší zemi. Tomu odpovídalo i zpracovávání historického materiálu, jeho využívání a jeho přístupnost veřejnosti. Vojenský historický archiv spadal pod Vojenský historický ústav se sídlem na Žižkově. Podmínky v Invalidovně, do níž se jako do objektu investovalo naprosto minimálně, byly neodpovídající pro personál i uložené fondy, ačkoliv se prováděly čas od času sanační práce a zaměstnanci byli ve svých nárocích velmi skromní.
Kromě historického archivu byly později vytvořeny i dva správní archivy - Archiv Československé lidové armády (dnes Správní archiv AČR) v Olomouci a Archiv MNO (dnes Správní archiv MO) v Praze, též v budově Invalidovny. Ačkoliv bylo Vojenskému historickému archivu přiznáno postavení archivu zvláštního významu, nadřízenými složkami byl vždy většinou vnímán a využíván pouze jako zdroj informací, nikoliv vědeckovýzkumné pracoviště.
Konec 2. části. Závěrečná část podá informaci o situaci v nedávné minulosti včetně zasažení povodní a o současnosti.
